Городской семинар по компьютерной биологии


Oрганизаторы:

  • Лаборатория математической биологии и биоинформатики ИПММ Санкт-Петербургского Политехнического университета
  • Санкт-Петербургский научный центр РАН

                Следующий семинар

Основные темы сообщений:

  • Методы и алгоритмы исследования биологических процессов и систем
  • Моделирование биологических процессов и систем
  • Вычислительные технологии и ресурсы
  • Биологические эксперименты
  • Интересные научные публикации

Регулярность заседаний семинара:

Семинар обычно проводится по четвергам в 16:00 в
Лаборатории математической биологии и биоинформатики ИПММ Санкт-Петербургского Политехнического университета
ул. Политехническая, 29, Научно-исследовательский корпус, в помещении А.3.30

Иногородние участники могут сделать доклад на семинаре в другой день
недели по договоренности

Руководитель семинара: Самсонова Мария Георгиевна m.samsonova@spbstu.ru
Секретарь: Алина Усольцева alina.usoltseva@mail.ru

Справки:


E-mail m.samsonova@spbstu.ru

Как нас найти

План семинара и программа заседаний:

Next!
25.05.2017, 16:00
Суркова С. (СПбПУ Петра Великого)

Анализ транскрипционной активности генов сегментации в сравнении с картинами экспрессии на уровне белка (Aннотация)

07.04.2017, 16:00 Раменский В. (МФТИ)

Полногеномное секвенирование когорты зеленых мартышек как инструмент биомедицинских исследований (Aннотация)

23.03.2017, 16:00 Чижов А. (ФТИ РАН)

Эпилептические интериктальные разряды в срезах энторинальной коры крысы: эксперимент и модель (Aннотация)

09.03.2017, 16:00 Иголкина А. (СПбПУ Петра Великого)

Анализ вариабельности экспрессии между больными шизофренией и здоровыми людьми (Aннотация)

20.02.2017, 16:00 Новикова Л. (ВИР им. Вавилова)

Реакция сельскохозяйственных растений на изменения климата ЕТ РФ (Aннотация)

09.02.2017, 16:00 Чернова В. (ИЦиГ СО РАН)

Компьютерный анализ особенностей экспрессии транспортеров ауксина семейства PIN в корне Arabidopsi thaliana L. (Aннотация)

26.01.2017, 16:00 Петухов В. (СПбПУ Петра Великого)

Точное оценивание уровня экспрессии генов в droplet-based single-cell RNA-seq экспериментах (Aннотация)

19.01.2017, 16:00 Ковалев М., Козлов К. (СПбПУ Петра Великого)

Обработка экспериментальных 3D изображений глазного диска плодовой мушки (Aннотация)

15.12.2016, 16:00 Дмитренко А. (СПбПУ Петра Великого)

Стохастическое моделирование молекулярных конфигураций регуляторных районов ДНК в эукариотических клетках (Aннотация)

08.12.2016, 16:00 Нестеренко А. (СПбПУ Петра Великого)

Саморегуляция морфогенетических градиентов позвоночных за счет адсорбции морфогенов на компонентах внеклеточного матрикса (Aннотация)

24.11.2016, 16:00 Плеханова Е. (СПбПУ Петра Великого)

Genomic and phenotypic analysis of Vavilov’s historic landraces reveals the impact of environment and genomic islands of agronomic traits (Aннотация)

17.11.2016, 16:00 Воронов Д. (СПбПУ Петра Великого)

Численное решение обратной задачи фармакокинетики (Aннотация)

10.11.2016, 16:00 Черткова А. (СПбПУ Петра Великого)

Моделирование эволюции регуляторных последовательностей ДНК (Aннотация)

15.06.2016, 16:00 Уткин Л.В.1, Егоров А.А. 2,3(1 СПбПУ Петра Великого, 2 СПбГЛТУ им. С.М. Кирова, 3 СПбГУ)

Робастный статистический анализ наблюдений зимостойкости хвойных на основе комбинации регрессионных и интервальных статистических моделей (Aннотация)

1.06.2016, 16:00 Dr. Magnus Fontes (Institut Pasteur, France)

Mathematical modelling for the Healthy Human Global project. (Aннотация)

6.04.2016, 16:00 Кулаковский И.В.(Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН)

Коллекция моделей мотивов сайтов связывания для факторов транскрипции мыши и человека: обзор данных, программных инструментов и практических приложений для задач регуляторной геномики (Aннотация)

30.03.2016, 16:00 Зубаирова У.С. (ИЦиГ СО РАН)

Компьютерное моделирование морфодинамики в меристемах растений с учётом морфогенетической регуляции и биомеханических свойств клеток (Aннотация)

23.03.2016, 16:00 Иголкина А.А. (СПбГПУ)

Поиск отклонений в работе сигнальных путей у больных шизофренией с помощью SEM (Structural Equation Modeling).

02.03.2016, 16:00 Уткин Л.В. (СПбГПУ)

Простой алгоритм полногеномного поиска ассоциаций для оценки аддитивного и эпистатического эффекта (Aннотация)

17.02.2016, 16:00 Dmytro Grytskyy (Juelich Center, Juelich, Germany)

Mutual interplay of activity and connectivity in networks of point neurons (Aннотация)


25.11.2015, 15:00
Константин Козлов, Виталий Гурский, Иван Кулаковский, Арина Дымова и Мария Самсонова (СПбГПУ)

Анализ функциональной значимости сайтов связывания в модели сети генов gap дрозофилы. (Aннотация)


11.11.2015, 15:00
К.В. Вяткина (СПбГУ, СПбАУ)

De novo секвенирование белков на основе масс-спектрометрических данных, полученных с использованием технологии top-down (Aннотация)


3.06.2015, 15:00
С. Казаков, А. Шалыто (Университет ИТМО)

ITMO Genome Assembler: de novo сборка генома в условиях ограниченных системных ресурсов. (Aннотация)


15.05.2015, 15:00
С.А. Руколайне (ФТИ РАН)

Линейное уравнение типа Больцмана с произвольным распределением длины свободного пробега и асимптотические приближения к нему (упрощенная модель внутриклеточного транспорта) (Aннотация)


17.04.2015, 15:00
К. Козлов, А. Соколкова (СПбГПУ)

Новые средства ПО ProStack для изучения эндоцитоза в клетках HeLa. (Aннотация)


18.03.2015, 15:00
Чижов А. (МФТИ)

Математическая модель статистического ансамбля нейронов как элемент модели зрительной коры. (Aннотация)


11.03.2015, 15:00
Потокина Е.К.(ГНУ ВНИИ растениеводства им. Н. И. Вавилова)

Геномный скрининг коллекций генетических ресурсов растений ВИР для повышения эффективности отечественной селекции. (Aннотация)


27.02.2015, 15:00
Дук М. (СПбГПУ)

Динамика контуров с упреждением зависит от типа регулятора в непрямой ветке регуляции


13.02.2015, 15:00
Иголкина А.А. (СПбГПУ)

Разработка метода предсказания процентного содержания типов клеток в образцах крови человека


30.01.2015, 15:00
Анастасия Терских (СПбГПУ)

Регуляторные совпадения в программах раннего развития дивергировавших видов насекомых


12.12.2014, 16:00
Юсупов А.Н. («МЕДИНЕФ»)

Friendly Fire. Взгляд кибернетика на атеросклероз (Aннотация)


28.11.2014, 16:00
В.Гурский (ФТИ РАН)

Трансляция генетической изменчивости на уровень экспрессии генов для генной сети gap генов Дрозофилы


21.11.2014, 16:00
Герман Демидов (студент, маг. прог. по биоинформатике, Санкт-Петербургский Академический университет)

Стохастическое моделирование молекулярных конфигураций энхансера: литературный обзор и постановка задачи. (Abstract)


22.07.2014, 13:00
Д.Гребеньков (Лаборатория Физики Конденсированного Состояния CNRS)

Моделирование процессов переноса в сложных системах: от клеток к органам (Abstract)


11.04.2014, 13:00
А.Писарев (СПбГПУ)

Трекинг частиц в биологических видеоизображениях


17.01.2014, 13:00
Сергей Малов (СПбГУ, Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского)

О проблеме поиска генетических закономерностей (Abstract)


15.11.2013, 13:00
Сергей Руколайне (ФТИ РАН)

Некоторые простейшие модели активного внутриклеточного транспорта


1.11.2013, 15:00
Елена Корнилова (ИНЦ РАН)

Эндоцитоз рецептора ЭФР как модель везикулярного транспорта (Аннотация)


25.10.2013, 13:00
Анна Иголкина (СПбГПУ)

О предстоящей стажировке на кафедре генетики человека Медицинского центра Университета Гронингена (Аннотация)


11.10.2013, 13:00
Кира Вяткина (Проблемная лаборатория вычислительной биологии СПб Академического Университета)

Секвенирование антител на основе top-down масс-спектров (Аннотация)


5.04.2013, 13:00
Елена Корнилова (ИНЦ РАН)

Прижизненный анализ транспорта и слияний эндосом, содержащих Qds, в культивируемых клетках. (Аннотация)


29.03.2013, 13:00
А.Жернакова (Университет г.Гронинген (UMCG), Нидерланды)

Генетика заболеваний иммунной системы - история, полногеномные методы анализа, дальнейшие перспективы (Аннотация)


15.03.2013, 13:00
С.A. Руколайне, А.M. Самсонов (ФТИ РАН)

Модели транспорта вещества, связанные с уравнением типа Джеффриса

22.02.2013, 13:00 И.Гула (СПбГПУ НОЦ "Математическая биология систем")

Модель генной экспрессии, основанная на телеграфном уравнении


18.01.2013, 13:00
М. Генаев (Институт Цитологии и Генетики, Новосибирск)

Разработка методов автоматического определения количественных характеристик опушения листа (Аннотация)


24.12.2012, 13:00
студенты группы 5057/4 (СПбГПУ)

Защита НИР студентами группы 5057/4


23.11.2012, 13:00
Д.Тодоров (СПбГУ, СПбГПУ НОЦ "Математическая биология систем")

Чувствительность и устойчивость стохастических моделей


9.11.2012, 13:00
E.M.Мясникова (СПбГПУ НОЦ "Математическая биология систем")

Критерий оценки предсказательной силы модели генных сетей (Аннотация)


11.07.2012, 15:00
Дмитрий Тодоров (СПбГУ, СПбГПУ НОЦ "Математическая биология систем")

Аттракторы, их бассейны и чувствительность: Обзор методов и программ в области системной биологии


5.07.2012, 15:00
А.Писарев (Государственный Политехнический Университет)

Применение эвристических методов в решении обратных задач


20.04.2012, 11:00
Е.Андронов (ГНУ ВНИИСХМ)

Эволюционное пространство гена 16S рРНК – проблемы и перспективы (Аннотация)


20.04.2012, 15:00
Lude Franke (Department of Genetics, University Medical Centre Groningen, the Netherlands)

Understanding the consequences of genetic variation (Abstract)


30.03.2012
С.Березин (Государственный Политехнический Университет )

Применение HMM к отбору кандидатов в задаче поиска сайтов редактирования РНК. II часть


16.03.2012
Е.Мясникова (Государственный Политехнический Университет )

Анализ идентифицируемости параметров модели регуляторных взаимодействия генов (Аннотация)


2.03.2012
С.Березин (Государственный Политехнический Университет )

Применение HMM к отбору кандидатов в задаче поиска сайтов редактирования РНК. (Аннотация)


24.02.2012
А.Писарев (СПбГПУ)

Многокритериальный подход к реконструкции генных сетей


18.11.2011
Д.Жернакова (Университет г.Гронинген (UMCG), Нидерланды)

Комплексный подход к мультифакторным заболеваниям (Аннотация)


11.11.2011
Е.Мясникова (СПбГПУ)

Как моделировать регуляторные генные сети?(Часть 2) (Аннотация)


3.11.2011
В.Гурский (ФТИ РАН)

Как моделировать регуляторные генные сети?(Часть 1) (Аннотация)


14.10.2011
С. Руколайне, А. Самсонов (ФТИ РАН)

Можно ли описать телеграфным уравнением расцепленные запаздывающие случайные блуждания с непрерывным временем ? (Аннотация)


30.9.2011
В.Скобеева ( Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова)

Изменчивость количественно-морфологических признаков гаструляции амфибий и ее морфогенетическое значение (Аннотация)


16.9.2011
Dr. Philipp Kuegler (RICAM, Academy of Sciences, Vienna, Austria)

Applications of Sparsity Enforcing Regularization in Systems Biology (Abstracts)


23.6.2011
Елена Савватеева-Попова (Институт Физиологии им. И.П. Павлова РАН)

Новая парадигма нейробиологии или эволюция функций некодирующих РНК


8.4.2011
Андрей Писарев (Государственный Политехнический Университет )

Применение алгебры изображений в базе данных FlyEx


25.3.2011
Екатерина Мясникова и Сергей Березин (Государственный Политехнический Университет )

Обзор методов анализа идентифицируемости параметров моделей


14.1.2011
Виталий Гурский (ФТИ РАН )

Вывод уравнений феноменологической модели генных сетей из модели транскрипционного контроля на уровне геномной последовательности


17.12.2010
С.А.Вакуленко (Институт проблем машиноведения РАН)

Генетические сети с устойчивой и пластичной структурой. (Резюме)


1.12.2010
Орлов Ю.Н. (каф. Биофизики СПбГПУ)

О протеомике и белок-белковых взаимодействиях


12 мая, 2010
В.В.Миронова (ИЦиГ СО РАН)

Компьютерное исследование роли ауксина в молекулярно-генетической регуляции развития корня растений


19 марта, 2010
Ощепков Дмитрий Юрьевич (Институт цитологии и генетики СО РАН)

Компьютерный анализ конформационных и физико-химических особенностей функциональных сайтов геномной ДНК эукариот


29 января, 2010
Мамон Людмила Андреевна (Санкт-Петербургский государственный университет кафедра генетики и селекции)

Механизмы плейотропного действия гена small bristles (Dm nxf1) Drosophila melanogaster, принадлежащего эволюционно консервативному семейству nxf (nuclear export factor)


20 ноября, 2009
Баранов В.С., А.С.Глотов (Институт акушерства и гинекологиии им. Отто)

Предиктивная медицина, генетический паспорт - современное состояние, трудности внедрения, перспективы


17 ноября, 2009
Кулаковский И.В.(Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН)

Построение оптимальных моделей ДНК-сайтов связывания факторов транскрипции высших эукариот на основе данных различных экспериментальных методов.


6 ноября, 2009
Сергей Вакуленко (Институт проблем машиноведения РАН)

Как формируются точные пропорции: взаимодействующие интерфейсы обеспечивают устойчивое формирование паттерна.


23 октября, 2009
Сергей Чебанов (Балтийский Государственный Технический университет)

Проблемы и основания оценки сходства и различия в геномике


16 октября, 2009
Андрей Илатовский (ОМРБ ПИЯФ РАН)

Моделирование супернуклеосомной структуры хроматина


28 сентября 2009
Екатерина Мясникова (Государственный Политехнический Университет)

Светлана Суркова (Государственный Политехнический Университет)
The 13th Irish Machine Vision and Image Processing conference (IMVIP 2009) September, 2009, Dublin, Ireland


16th International Society of Developmental Biologists Congress, Edinburgh, September 2009

10 июля, 2009

Екатерина Мясникова (Государственный Политехнический Университет)
Journal Club:

Spatial Bistability Generates hunchback Expression Sharpness in the Drosophila Embryo. Francisco J.P. Lopes, Fernando M.C. Viera, David M.Holloway, Paulo M.Bisch, Alexander V.Spirov


3 июля, 2009
Мария Самсонова (Государственный Политехнический Университет)
Екатерина Мясникова (Государственный Политехнический Университет)



Результаты поездки в США
Basel Computational Biology Conference "Molecular Evolution"

19 июня, 2009
Андрей Писарев (Государственный Политехнический Университет)

Методы on-line трансформации, анализа и визуализации паттернов экспрессии генов в БД FlyEx

29 мая, 2009 Виталий Гурский (ФТИ РАН) Journal Club:

Bergmann et al. Pre-steady state decoding of the Bicoid morphogen gradient. PLOS biology 5(2),e46 2007

15 мая, 2009 Мария Самсонова (Государственный Политехнический Университет) Journal Club:

1. Anterior-posterior positional information in the absence of a strong Bicoid gradient. Ochoa-Espinosa A, Yu D, Tsirigos A, Struffi P, Small S. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Mar 10;106(10):3823-8.

2. Precise registration of gene expression boundaries by a repressive morphogen in Drosophila. Yu D, Small S. Curr Biol. 2008 Jun 24;18(12):868-76.

3. Formation of the bicoid morphogen graient: an mRNA gradient dictates the protein gradient. Spirov A, Fahmy K, Schneider M, Frei E, Noll M, Baumgartner S. Development. 2009 Feb;136(4):605-14.


10 апреля 2009
Екатерина Мясникова (Государственный Политехнический Университет) Стохастические модели экспрессии генов.
27 марта 2009 Мария Самсонова (Государственный Политехнический Университет)

Константин Козлов (Государственный Политехнический Университет)
Краткое сообщение о конференции по Дрозофиле (Fly meeting)


Моделирование эмбрионального развития мутантов дрозофилы Kr-. Часть II.
27 февраля 2009 Виталий Гурский (ФТИ РАН) Динамический анализ формирования границы области экспрессии гена hb в условиях изменчивого морфогена Bcd в модели сети генов gap в дрозофиле.
13 февраля 2009 Андрей Писарев (Государственный Политехнический Университет) Применение моделей и методов искусственного интеллекта в БД FlyEx.
30 января 2009 Константин Козлов (Государственный Политехнический Университет) Моделирование эмбрионального развития мутантов дрозофилы Kr-.
12 декабря 2008 Анна Матвеева (Государственный Политехнический Университет) Journal Club: Xiao-yong Li, Stewart MacArthur, Richard Bourgon, David Nix, Daniel A. Pollard, Venky N. Iyer, Aaron Hechmer, Lisa Simirenko, Mark Stapleton, Cris L. Luengo Hendriks, Hou Cheng Chu, Nobuo Ogawa, William Inwood, Victor Sementchenko, Amy Beaton, Richard Weiszmann, Susan E. Celniker, David W. Knowles,Tom Gingeras, Terence P. Speed, Michael B. Eisen, Mark D. Biggin Transcription Factors Bind Thousands of Active and Inactive Regions in the Drosophila Blastoderm // PLOS Biology. PMID: 18271625
26 ноября 2008 Екатерина Мясникова и Константин Козлов (Государственный Политехнический Университет) Journal Club: Ashyraliyev M., Jaeger J., Blom J.G. Parameter estimation and determinability analysis applied to Drosophila gap gene circuits // BMC systems biology 2008. PMID: 18817540
12 ноября 2008 Светлана Суркова (Государственный Политехнический Университет) Прослеживание динамики Bcd-eGFP с помощью 1- и 2-фотонной микроскопии.
7 ноября 2008 Татьяна Баумуратова (University of Rennes1, Институт математических проблем биологии РАН) Методы системной биологии в исследованиях рака.
22 октября 2008 Светлана Суркова (Государственный Политехнический Университет) Динамика экспрессии генов сегментации у эмбрионов дрозофилы, мутантных по гену Kr.
1 октября 2009 Виталий Гурский (ФТИ РАН) Международная конференция ICSB'2008.
30 мая 2008 Екатерина Мясникова (Государственный Политехнический Университет) Деконволюция конфокальных изображений.
5 мая 2008 Анна Матвеева (Государственный Политехнический Университет) Journal Club: Eran Segal, Tali Raveh-Sadka, Mark Schroeder, Ulrich Unnerstall and Ulrike Gaul. Predicting expression patterns from regulatory sequence in Drosophila segmentation // Nature 2008.
18 апреля 2008 Андрей Писарев (Государственный Политехнический Университет) Комплексный подход к хранению, визуализации, обработке, анализу данных и компьютерному моделированию на основе FlyEx и iSIMBioS.
28 марта 2008 Виталий Гурский (ФТИ РАН) Journal Club: Wenzhe Ma, Luhua Lai, Qi Ouyang, and Chao Tang, Robustness and modular design of the Drosophila segment polarity network // Molecular Systems Biology 2006.
14 марта 2008 Олег Демин (НИИ ФХБ МГУ им. Белозерского и Институт Системной Биологии СПб) Modeling in Systems Biology: Applications to Biomedicine and Biotechnology.
30 ноября 2007 Виталий Гурский и Сергей Вакуленко (ФТИ РАН) Устойчивость границы области экспрессии гена hb при вариации морфогена Bcd в модели экспрессии генов gap в дрозофиле: Асимптотический подход.
9 ноября 2007 Николай Томилин (Институт цитологии РАН, Санкт-Петербург) Роль ретроэлементов в регуляции генной экспрессии в клетках млекопитающих.
24 сентября 2007 Екатерина Мясникова (Государственный Политехнический Университет) Обзор докладов конференции MCCMB'07 в Москве, июль 2007.
9 июля 2007 Екатерина Мясникова (Государственный Политехнический Университет) Journal Club:

1. Cris L Luengo Hendriks Hendriks, Soile VE Keranen, Charless C Fowlkes, Lisa Simirenko, Gunther H Weber, Angela H DePace, Clara Henriquez, David W Kaszuba, Bernd Hamann, Michael B Eisen, Jitendra Malik, Damir Sudar, Mark D Biggin and David W Knowles. Three-dimensional morphology and gene expression in the Drosophila blastoderm at cellular resolution I: data acquisition pipeline // Genome Biology 2006.

2. Soile VE Keranen, Charless C Fowlkes, Cris L Luengo Hendriks, Damir Sudar, David W Knowles, Jitendra Malik and Mark D Biggin. Three-dimensional morphology and gene expression in the Drosophila blastoderm at cellular resolution II: dynamics // Genome Biology 2006.

2 июля 2007 Виталий Гурский (ФТИ РАН) Journal Club: Две статьи T. Gregor, E. F. Wieschaus, A. P. McGregor, W. Bialek, D. W. Tank о внутриядерной динамике морфогена Bcd в дрозофиле и пределах для позиционной информации.
18 июня 2007 Андрей Писарев (Государственный Политехнический Университет) Архитектура ISIMBIOS: адаптивная многоагентная киберинфраструктура с элементами самоорганизации.
4 июня 2007 John Ionides (Государственный Политехнический Университет) A relational database for macromolecular structures.
28 мая 2007 Екатерина Пустельникова (Государственный Политехнический Университет) Хранение данных и сценариев для iSIMBioS.
7 мая 2007 Мария Самсонова (Государственный Политехнический Университет) Journal Club: Статьи Дэвида Арности.
9 апреля 2007 Анна Матвеева (Государственный Политехнический Университет) Journal Club: Транскрипционный проект Джона Рейница.
26 марта 2007 Екатерина Мясникова (Государственный Политехнический Университет) Возможности и ограничения метода получения количественных данных по экспрессии генов сегментации дрозофилы на основе фиксированных тканей.
5 марта 2007 Сергей Чебанов (Санкт-Петербургский Государственный Университет) Биосемиотика и молекулярная биология на "Gathering in Biosemiotics 6" (продолжение).
26 февраля 2007 Сергей Чебанов (Санкт-Петербургский Государственный Университет) Биосемиотика и молекулярная биология на "Gathering in Biosemiotics 6".
12 февраля 2007 Анна Матвеева (Государственный Политехнический Университет) Анализ регуляторных последовательностей.
29 января 2007 Л.А.Мамон (Кафедра Генетики и Селекции, Санкт-Петербургский Государственный Университет) Механизмы плейотропного действия генов.
15 января 2007 Константин Козлов (Государственный Политехнический Университет) Анализ производительности метода параллельной разностной эволюции.
18 декабря 2006 А.В.Чижов (ФТИ им. Иоффе РАН) Модель нейронных популяций корковой ткани мозга.
13 ноября 2006 Александр Самсонов (ФТИ РАН) О диффузии и времени задержки в сложных нелинейных биосистемах.
30 октября 2006 Светлана Суркова (Государственный Политехнический Университет) Динамика паттернов экспрессии 14-ти генов, контролирующих сегментацию у дрозофилы.
16 октября 2006 Виталий Гурский и Сергей Вакуленко (ФТИ РАН) Новый подход к подгонке параметров в модели gap-генов в дрозофиле.
26 июня 2006 Андрей Писарев, Иван Михайлюков, Артур Ткаченко (Государственный Политехнический Университет) Планирование и выполнение сценариев распределенных вычислений.
13 апреля 2006 Виталий Гурский (ФТИ РАН) Регулярные и сингулярные стационарные точки в генных сетях с динамическим порогом взаимодействия.
26 февраля 2006 Екатерина Пустельникова (Государственный Политехнический Университет) Моделирование данных и поисковые механизмы для PIPE. Принципиальные отличия от FlyEx.
17 Февраля 2006 Иванисенко Владимир Александрович (ИЦИГ) Функциональные центры глобулярных белков: компьютерный анализ структурно-функциональной организации и эволюции.
16 Февраля 2006 Аман Евгения Эдуардовна (асп ИЦИГ) Автоматизированная реконструкция сетей молекулярно-генетических взаимодействий на основе анализа текстов научных статей.
16 Февраля 2006 Миронова Виктория Владимировна (асп ИЦИГ) AGNS DB (Arabidopsis GeneNet Supplementary DataBase) база данных по экспрессии генов Арабидопсиса.
2 февраля 2006 Мария Самсонова (Государственный Политехнический Университет) Движение клеток во время морфогенеза.
12 января 2006 Анастасия Самсонова(Европейский Институт Биоинформатики) Prediction of localization of gene expression from Drosophila time course microarray data.
22 декабря 2005 Виталий Гурский (ФТИ РАН) Робастность генных сетей: Избыточность и структурная устойчивость.
1 декабря 2005 Константин Козлов (Государственный Политехнический Университет) Обработка двух- и трехмерных изображений с помощью пакета prostak.
10 ноября, 2005 Анна Матвеева (Государственный Политехнический Университет) Функция, регуляция и экспрессия гена fushi tarazu в раннем эмбриональном развитии Drosophila на стадии клеточной бластодермы. Биологический анализ количественных данных по экспрессии гена fushi tarazu.
27 октября 2005 Светлана Суркова (Государственный Политехнический Университет) О семинаре "Лазерная конфокальная микроскопия в биологии и медицине", организованном компанией Leica Microsystems. Звенигород, сентябрь 2005.
14 октября 2005 Сергей Вакуленко (Институт Проблем Mашиноведения РАН) Аналитический подход к генным сетям.
29 сентября 2005 Сергей Чебанов (Санкт-Петербургский Государственный Университет) Научная программа витализма Вл. Карпова.
8 июня 2005 Сергей Чебанов (Санкт-Петербургский Государственный Университет) Оптимальность и субоптимальность биологических систем.
27 апреля 2005 Виталий Гурский (ФТИ РАН), Екатерина Мясникова (Государственный Политехнический Университет) Стохастические модели регуляции транскрипции.
6 апреля 2005 Екатерина Пустельникова (Государственный Политехнический Университет) Теория баз данных - понятие целостности данных.
30 марта 2005 Андрей Писарев (Государственный Политехнический Университет) PIPE - Система распределенной обработки и анализа изображений паттернов экспрессии генов.
23 марта 2005 Константин Козлов (Государственный Политехнический Университет), Виталий Гурский (ФТИ) Обзор международной школы по системной биологии 1st FEBS Advanced Lecture Course "Systems Biology: From Molecules & Modelling to Cells" (Gosau, Austria, March 12-18, 2005).
9 марта 2005 Мария Самсонова (Государственный Политехнический Университет) Стохастическая природа процессов, протекающих в клетке, и экспрессия генов.
22 февраля 2005 Константин Козлов (Государственный Политехнический Университет) Методы оптимизаци, используемые для нахождения параметров геной сети из экспериметальных данных.
9 февраля 2005 Александр Веремьев (фирма "Одос") Обработка слабоструктурированных данных (XML) функциональными языками общего назначения (LISP, Scheme). Web-Services.
19 января 2005 Виталий Гурский (ФТИ РАН) Аттракторы в моделях генных сетей сегментации в мушке дрозофилы: Современные результаты.
22 декабря 2004 Константин Козлов (Государственный Политехнический Университет) Модификация модели Рейница-Шарпа-Мйолзнеса с межгенными взаимодействиями с переменным знаком.
15 декабря 2004 Светлана Суркова (Государственный Политехнический Университет) Морфогены, компартменты и паттерны в раннем развитии дрозофилы.
1 декабря 2004 Сергей Чебанов (Санкт-Петербургский Государственный Университет) Что понимают под морфогенетическими полями? Морфогенетические поля как физико-химические поля концентраций биологических молекул (часть 2).
17 ноября 2004 Екатерина Пустельникова (Государственный Политехнический Университет) База данных FlyEx - новые возможности. Анализ изображений и количественных данных. Конструирование интегрированных паттернов.
3 ноября 2004 Сергей Чебанов (Санкт-Петербургский Государственный Университет) Что понимают под морфогенетическими полями? Морфогенетические поля как физико-химические поля концентраций биологических молекул (часть 1).
20 октября 2004 Константин Козлов (Государственный Политехнический Университет) Обзор международной конференции "Динамика, управление и вычисление в биохимических сетях", 21 - 26 августа, г. Банфф, Альберта (Канада).
21 июля 2004 Денис Тиеффри (Университет Марселя) Компьютерный анализ регуляторных сетей, контролирующих развитие.
16 июня 2004 Константин Козлов (Государственный Политехнический Университет) О дальнейшем развитии програмного обеспечения для оптимизации.
12 мая 2004 Андрей Писарев (Государственный Политехнический Университет) Обзор технологий анализа и обработки данных в режиме on-line (OLAP).
21 апреля 2004 Константин Козлов (Государственный Политехнический Университет) SBML - System Biology Markup Language.
7 апреля 2004 Максим Благов (Государственный Политехнический Университет) Text mining. Извлечение знаний из текстов на ЕЯ.
19 марта 2004 Екатерина Пустельникова (Государственный Политехнический Университет) Модели данных. Недостатки и преимущества реляционной модели.
3 марта 2004 Мария Самсонова (Государственный Политехнический Университет) Использование флуоресценции для визуализации биологических молекул и процессов.
18 февраля 2004 Константин Козлов (Государственный Политехнический Университет) Исследование сходимости градиентного метода в зависимости от критерия выхода.
4 февраля 2004 Андрей Писарев (Государственный Политехнический Университет) Реализация функций анализа и обработки данных по экспрессии генов дрозофилы в режиме on line (OLAP) в информационной системе FlyEx.
21 января 2004 Алексей Голубев (НИИЭМ РАМС, Санкт-Петербург) Имитационное моделирование клеточного цикла в связи с лимитом Хэйфлика и распределением теломер по длине.
14 января 2004 Виталий Гурский (ФТИ) О структурной и параметрической устойчивости модели генной сети в дрозофиле.
17 декабря 2003 Prof. John Reinitz (Stony Brook, USA) Multiscale dynamics in biology: pattern formation and transcription in the Drosophila blastoderm.
3 декабря 2003 Светлана Суркова (Государственный Политехнический Университет) Ранние процессы в сегментации; установление границ парасегментов у дрозофилы.
19 ноября 2003 Екатерина Мясникова (Государственный Политехнический Университет) Применение байесовских сетей к анализу данных по экспрессии генов.
5 ноября 2003 Мария Самсонова (Государственный Политехнический Университет) Регуляция транскрипции у эукариот и многообразие животного мира.
22 октября 2003 Максим Благов (Государственный Политехнический Университет) Естестественно языковой интерфейс. Семантический анализ.
8 октября 2003 Мария Самсонова (Государственный Политехнический Университет), Виталий Гурский (ФТИ) Итоги научной активности в летнем сезоне: о конференциях ISMB03 и MCCMB03. 
19 сентября 2003 Thomas L. Casavant; Professor and Director The Center for Bioinformatics and Computational Biology Departments of Electrical and Computer Engineering, Biomedical Engineering, and The Ph.D. Program in Genetics. University of Iowa.  TrAPSS: Automated Knowledge Discovery For High-Throughput Disease Gene Mutation Screening.
30 июля 2003 Eric Mjolsness (Institute for Genomics and Bioinformatics, University of California) Integration of data, mathematical models and software for cell and developmental simulation. 
16 мая 2003 Максим Благов (Государственный Политехнический Университет) Методы интеграции баз данных. 
25 апреля 2003 Владимир Аленин (Санкт-Петербургский Государственный Университет) Транскрипционная активность генома и технология ДНК чипов.
11 апреля 2003 Б.В.Крылов, Б.Ф.Щеголев (Институт физиологии имени И.П.Павлова) Квантово-химические расчеты и метод локальной фиксации потенциала как инструменты при разработке принципов создания новых лекарственных препаратов.
27 марта 2003 Ральф Хофештедт (Университет Билифельда, Германия) Интеграционная биоинформатика: моделирование метаболических сетей.
21 марта 2003 Мария Самсонова (Государственный Политехнический Университет) О 44 Ежегодной конференции по исследованиям дрозофилы (Чикаго, США, 5 - 9 марта 2003).
4 марта 2003 Екатерина Пустельникова (Государственный Политехнический Университет) База данных FlyEx: новая версия.

18 февраля 2003
Виталий Гурский (ФТИ),
Константин Козлов (Государственный Политехнический Университет)
Обзор моделей сегментации в мушке дрозофила, II: Модели Санчеса-Тиеффри и Лакалли-Харрисона.
9 января 2003 Мария Самсонова (Государственный Политехнический Университет) Семинар в замке Дагштуль "Интеграция информации и процессов: перспектива для биологии". 29 - 31 января 2003
21 января 2003 Светлана Суркова (Государственный Политехнический Университет) Биологический анализ данных по формированию доменов экспрессии генов сегментации у дрозофилы.
9 января 2003 Юрий Орлов (Институт Цитологии и Генетики, Новосибирск) Сложность и структура повторов в геномной ДНК.
17 декабря 2002 Джон Рейниц Численный подход к развитию дрозофилы и транскрипционному контролю.
10 декабря 2002 Виталий Гурский (ФТИ),
Константин Козлов (Государственный Политехнический Университет)
Математические модели сегментации у дрозофилы: обзорный доклад.
26 ноября 2002 Екатерина Мясникова (Государственный Политехнический Университет) Удаление фонового сигнала из данных по экспрессии генов сегментации дрозофилы in situ.
12 ноября 2002 Йоганнес Йегер (Стони Брук, США) Модель генных цепей детерминации сегментов у дрозофилы.
22 октября 2002 Андрей Писарев (Государственный Политехнический Университет) Адаптивные интерфейсы к базам данных.
17 сентября 2002 Виталий Гурский (ФТИ);
Константин Козлов (Государственный Политехнический Университет)
Континуальная модель детерминации сегментов у дрозофилы.
22 апреля 2002 Константин Козлов (Государственный Политехнический Университет) Градиентный метод первого порядка для поиска феноменологических параметров в модели генных цепей.