Математическая биология систем


Межвузовский Научно-образовательный центр (НОЦ) «Математическая биология систем» создан в 2010 году двумя университетами — СПбГПУ и СПбГУ — для научной работы и обучения в области математической и системной биологии. Любой биологический объект или процесс представляет собой систему взаимодействующих генов, молекул РНК, белков и метаболитов. Математическая системная биология ищет ответ на главный вопрос: каким образом взаимодействия этих молекул приводят к организованному и целесообразному поведению клеток, органов и организмов? Эта область знания объединяет усилия математиков, биологов, физиков и программистов.

Методы математической системной биологии включают получение и анализ высокоточных экспериментальных данных, математическое моделирование биологических процессов и численные эксперименты, разработку новых программ по определению параметров математических моделей по экспериментальным данным. Математическое моделирование позволяет формулировать непротиворечивые гипотезы и проводить направленные эксперименты по их проверке, и тем самым, существенно сократить время и объем работы.

Работа сотрудников НОЦ находится на мировом уровне развития системной биологии, что обеспечивается оригинальными методами обработки экспериментальных данных по экспрессии генов, а также эффективными методами математического моделирования в новых биологически осмысленных моделях. Разработанная авторами проекта база данных FlyEx по экспрессии генов сегментации является одной из самых популярных в своей области в мировом научном сообществе.

Коллективом получен ряд важных результатов, опубликованных в ведущих научных журналах (Nature, Nature Genetics, PLoS Biology) и представленных на ведущих научных конференциях в форме пленарных и приглашенных докладов. Коллектив представлен в официальных реестрах ведущих научных и научно-педагогических школ Санкт-Петербурга и РФФИ.

Среди основных целей работы НОЦ:

  • Организация и проведение научно-образовательной, научно-исследовательской, инновационной и международной деятельности совместно с факультетами СПбГПУ;
  • Внедрение результатов НИР и инновационной деятельности в учебный процесс Университета с целью повышения качества учебного процесса и обеспечения высокого уровня научно-исследовательской составляющей учебных планов.

Для студентов и аспирантов НОЦ:

Задачи для НИРС, группа 5057/4

Лекции

Февраль – май 2011 года

среда, 14.00 – 16.00 Основы молекулярной биологии. Лекции читают доценты кафедры генетики и селекции СПбГУ Л.А.Мамон и Е.В.Голубкова (СПбГПУ, корп.4, ауд.305)

среда, 19.00 – 21.00 Основы обработки данных биологических экспериментов. Занятия ведут доцент кафедры прикладной математики СПбГПУ В.Н.Рычков и сотрудники Центра перспективных исследований СПбГПУ (СПбГПУ, кафедра прикладной математики)

"Курс молодого бойца" (литература для начального чтения)

Наши проекты

Государственный контракт № 14.740.11.0166 по теме «Изучение механизмов устойчивости развития в морфогенетическом поле детерминации сегментов», научный руководитель - академик С. Г. Инге-Вечтомов.

Наши партнеры

  • ИЦиГ СО РАН, Новосибирск, Россия
  • Кафедра эмбриологии МГУ, Москва, Россия
  • University of Chicago, Chicago, USA
  • Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, USA
  • University of Amsterdam, Amsterdam, the Netherlands
  • University of Heidelberg, Heidelberg, Germany
  • Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona, Spain

Контактная информация

Мария Георгиевна Самсонова
д.б.н.
директор Центра «Математическая биология систем»
Email: samson@spbcas.ru
Тел. +7 (812) 596-2831




Набор данных по экспрессии генов сегментации дрозофилы на обложке журнала Developmental Biology. Подробнее…


Этапы обработки биологических изображений с целью получения количественных данных. Подробнее…


Математическое моделирование экспрессии генов gap в эмбрионе плодовой мушки дрозофилы. Подробнее…


Теоретический анализ канализации вариабельности экспрессии генов gap в рамках теории динамических систем. Подробнее…


Моделирование внутриклеточных процессов репликации вируса гепатита С. Подробнее…